Gakuen Shimai, iki kız kardeş olan Konomi ve her zaman onun yanında olan Yayoi’nin hikayesini anlatıyor. Konomi, annesinin ölümünden sonra yas tutarken, Yayoi ona destek olmaya çalışmaktadır. Bir gün, ikisi de aynı okula kabul edilir ve burada farklı arkadaşlıklar ve zorluklarla karşılaşırlar. Ancak, birlikte verdikleri destek sayesinde her türlü zorluğun üstesinden gelmeyi başarırlar. Gakuen Shimai, güçlü bir kardeşlik bağının ve dayanışmanın önemini vurgulayan dokunaklı bir hikaye sunuyor.